En 1639 le Duc de Saxe Weimar, chef de guerre à la solde de Richelieu, envahit Pontarlier et après avoir occupé, pillé et terrorisé la ville pendant 5 mois, l’incendie avant son départ. La maison de ville est alors détruite.

En 1658, le conseil  de décide de reconstruire la maison de ville « le hault pour y faire le conseil et en bas pour l’esminage  et des boutiques ».

Eminage, eminaige, minage :

-         droit en nature ou en argent levé pa le seigneur ou la municipalité sur les grains vendus aux galles.

-         Lieu où se font les transactions, le plus souvnet situé dans une partie de la halle, là où se trouvent les mesures et les étalons.

Dans un certain nombre de maisons de ville est érigée une chapelle souvent  richement décorée. A cette époque, le conseil est renouvelé à chaque fin d’année et après son élection, le corps de  ville assiste à une messe solennelle dans cette chapelle. On y célèbre également une messe lors du jour de la fête patronale.

En 1660 après reconstruction le conseil demande au révérend Vicaire Général du diocèse de Besançon la permission de célébrer la messe dans la chapelle de ville.

Cette chapelle est dédié  à st Gond.

Le fronton, posé en 1667, se trouve actuellement scellé vers l’escalier de l’hôtel de ville à côté des pierres tombales.

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En 1831, le gouvernement vote une loi d’aide aux communes « à hauteur du tiers de la somme de travaux dune utilité réelle qui seraient entrepris promptement dont l’exécution devrait avoir lieu tôt ou tard et afin d’occuper un grand nombre d’ouvriers oisifs »

Le conseil municipal décide de saisir cette occasion pour entreprendre la reconstruction de l’hôtel de ville et de la halle aux blés. De plus, ces travaux permettrons « d’occuper pendant les rigueurs de l’hyver une population qui ne demande que du travail et qui pour exister n’auraient pas d’autres moyens à employer que ceux mis journellement en pratique, on, veut parler de la contrebande, et de la dévastation des forêts publiques et privées. »

Il est vrai que l’hôtel de ville est en très mauvais état. Il faut étayer les salles lors de l’usage par la Sous-Préfecture qui manque d’un local spacieux. De plus il fait saillie sur la grande rue dont il rompt l’alignement et son exiguïté le rend impropre et insuffisant à sa destination et aux besoins de l’administration.

En fait, il est décidé de le reconstruire où il se trouvait en englobant la vielle maison commune ainsi que le collège et ses dépendances.

Les plans sont exécutés par l’architecte Monsieur POMPEE (1831)

En Août 1832 une cérémonie est organisée pour la pose de la première pierre.

 C’est en 1836 que l’hôtel de ville actuel est achevé.

En 1838 il est décidé d’embellir l’hôtel de ville .

Le fronton avait été laissé en pierres brutes pour y sculpter les armes de la ville. Ce travail est effectué par Monsieur FAVIER sculpteur.